中国热科院在木薯高效育种方面取得新进展

        中国热科院生物所功能基因组与分子育种研究团队开发了木薯35 K液相育种芯片，在木薯功能基因组研究与基因组选择育种方面具有重要意义，进一步提高了我国木薯育种的自主创新能力。研究团队基于377份木薯种质全基因组SNP标记、2980种代谢物QTL和23个田间农艺性状QTL等信息，筛选出基因组上高多态性、低缺失率、分布均匀的35369个SNP作为背景位点，性状紧密关联的586个SNP作为前景位点进行探针设计，成功研发出全球首款木薯液相育种芯片“GenoBaits Cassava35K”。该芯片在群体多样性分析、系统发育分析、全基因组关联分析中均具有较好的效果。基于203份代表性种质的芯片基因型数据和197份样本重测序数据的比较发现：（1）GenoBaits Cassava35K芯片具有极高的平均位点检出率（99.5%）和基因组分布密度（平均空隙长度为1.76 kb）；（2）遗传多样性分析表明，基于芯片与基于重测序数据的样本核苷酸多样性呈显著正相关；（3）利用GenoBaits Cassava35K芯片进行多态性位点筛选，构建了木薯种质SNP指纹图谱，应用于木薯品种鉴定；（4）利用203份种质芯片基因型数据进行GWAS分析，检测到多个与先前重测序数据相同的显著关联位点。